La flora de Andalucía es de una variedad sorprendente, fiel reflejo de una tierra con numerosos contrastes. En las dehesas de elevación medio-altas y en las grandes extensiones de olivos hay una perfecta mezcla  de vegetación, ideal para la ganadería y para todo tipo de animales. En las sierras domina una vegetación llamada monte mediterráneo, conjunto de árboles y arbustos medianos y altos, como encinas, alcornoques, lentiscos, enebros, jaras, así como plantas aromáticas (tomillo, romero, lavanda) y brezos. En la sierra alta y en la costa existen numerosos tipos de pinos, aunque el pinsapo sólo se encuentra en los parques naturales de la Sierra de Grazalema, Sierra de las Nieves y Sierra Bermeja. En los valles de los ríos, los arroyos y alrededor de las lagunas crecen fresnos, sauces y chopos; en las zonas húmedas se alzan carrizos y cañas.
En las ciudades, el naranjo amargo, el limonero y diversos tipos de plantas y flores adornan calles, parques y patios. También se pueden encontrar numerosos árboles autóctonos y tropicales, como cipreses, higueras, palmeras y jacarandas.

La fauna que se halla en los recintos naturales protegidos de toda Andalucía es de una gran riqueza y variedad. Entre sus animales hay varias especies en peligro de extinción: la foca monje, el pato malvasía, el águila imperial, el lince ibérico o el meloncillo, todos ellos mamíferos predadores. En los bosques y las sierras habitan el jabalí, el gamo, la cabra montés, el muflón y gran número de aves rapaces. En las zonas húmedas se refugian y anidan una gran variedad de pajaros y en ellas hacen su estación invernal las aves migratorias. El flamenco rosado se puede ver en Doñana y en las marismas del río Odiel (Huelva), pero sólo anida en la laguna Fuente de Piedra (provincia de Málaga).
Lagartos, salamandras, serpientes no venenosas e incluso escorpiones habitan en las zonas calientes y secas. Por el cielo de las ciudades andaluza se pueden ver volar golondrinas, vencejos, cernícalos y algunas cigüeñas.
En las dehesas se practica la ganadería del toro bravo y del cerdo ibérico. El caballo andaluz, famoso en el mundo ecuestre, es un cruce de razas árabe, berberisca y nativa.

En Andalucía hay dos recintos protegidos de máxima categoria:
Parque Nacional de Doñana (desde 1969)
Parque Nacional Sierra Nevada (desde 1999.

La región alpina de Sierra Nevada fue declarada parque nacional en el año 1999. La mayor parte de su superficie está situada en la provincia de Granada, sólo un 20 por ciento pertenece a Almería. Con los picos del Mulhacén (3.482 m.) y del Veleta (3.392 m.), posee las dos elevaciones más altas de la península española. La nieve y el hielo de los glaciares erosionaron la alta montaña, por ello la zona tiene escasa vegetación y sólo se ve la cabra montés. Por el contrario, las zonas medianas y altas disponen de una flora y una fauna muy variada. El 25 por ciento de las especies de todo el país se encuentran en este parque. Entre ellas más de 60 especies son exclusivas, p.ej. la violeta de Sierra Nevada, la estrella de las nieves o la amapola de la sierra. Entre los pajaros se hallan aves rapaces como el águila real e imperial, el buitre negro y el halcón; además del pito real, el arendajo común y varios tipos de herrerillos, pinzones y alondras. El zorro, el tejón, la comadreja y la gineta habitan en las zonas con árboles y arbustos.
El acceso a la alta montaña sólo es posible en coche todoterreno (hay restricciones según temporada) o a pie desde las poblaciones más altas (Capileira, Trevélez).

Además de los dos Parques Nacionales, Andalucía cuenta con 24 Parques Naturales protegidos.

 

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Las 29 Reservas Naturales suelen ser zonas humedas de pequeña extensión. Sirven como refugio para varios tipos de aves migratorias. Existen importantes reservas para el flamenco rosado, como la Laguna de Fuente de Piedra en la provincia de Málaga.

Los 32 Parajes Naturales de Andalucía poseen un especial encanto. Por ejemplo, es posible hallar formaciones geológicas raras, como el Torcal de Antequera (Málaga) o el desierto de Tabernas (Almería).